Las tripulaciones que participan en Caminos del Inca deben enfrentar muchos retos, uno de ellos es el posible reemplazo del piloto. Según reglamento, esto solo puede ocurrir por motivos de fuerza mayor comprada siempre y cuando posea licencia FEPAD y/o FIA vigente (mínimo licencia “B” en caso de piloto).
El cambio debe hacerse antes del inicio de una etapa y previa comunicación escrita al Director de la Prueba. Además, debe tener la autorización de los Comisarios Deportivos. Si la tripulación cambia al piloto luego de la largada de una etapa será descalificada. Solo se puede cambiar de piloto o navegante una sola vez durante toda la prueba.
En 1968, cuando se disputaba la segunda etapa de Caminos del Inca, José Salomé copiloto de la tripulación a cargo del piloto Cristóbal Gajluf fue afectado por la altura y no pudo seguir en competencia. Tomás Alzamora que había sido copiloto de Emilio Fort lo reemplazó. Finalmente Gajluf abandonó en la última jornada por desperfectos mecánicos.